Então, eu já havia encontrado essa sua aula ensinando a forma certa de fazer, porém mesmo seguindo-a ocorre esse erro acima, no qual diz que já tenho um arquivo SSL instalado. Quando clico para substituí-lo ou reinstala-lo, vem o erro fullchain.pem is missing.
Isso ocorre mesmo se eu remover o site e adiciona-lo novamente no servidor.
Eu precisava de um jeito de excluir 100% do LE desse site para fazer novamente.
Acredito que ele esteja pegando o SSL de outro projeto no mesmo servidor, pq ao tentar acessar meusite.com ele diz que não é seguro, vou em Avançado e clico em Acessar mesmo assim, ai o domínio carrega, porém o blog é o outro projeto que tenho. Domínio de um, blog de outro.
Resolvido.
Tinha duas versões do SSL instalado nesse domínio.
Uma vindo do zero SSL e outra do LetsEcrypt.
O comando de remoção removeu apenas uma delas.
Não consigo passar um passo a passo simples de como fiz para resolver.
Basicamente localizei e removi todos os arquivos do SSL e instalei novamente.
Mas isso não deve mais acontecer com novos servidores.
Esse foi um caso bem específico devido a atualização do Acme que passou a utilizar o zero ssl como padrão.