Olá Gabriel.
Migrei esse site de servidor, rodei todos os comandos de permissão, e instalação do ssl, contudo o site sempre aparece como não seguro.
O que posso fazer?
Se utilizar o comando:
wo site info domínio.com
Ele retorna a informação que o SSL está ativo?
O SSL está expirado.
Esse não parece ser um server novo para o qual o site foi migrado recentemente e sim um server em produção a pelo menos 3 meses.
Vamos fazer o seguinte teste.
Remove o SSL antigo com:
wo site update domínio.com --le=clean
Depois instala novamente:
Se estiver com sua conta cloudflare integrado ao servidor por api executa:
wo site update domínio.com --le --dns=dns_cf
Se não estiver com o server integrado ao CloudFlare instala o SSL com:
wo site update domínio.com --le
Rapaz, você é fera mesmo, pois de fato esse server tem uns 3 meses, contudo fiquei procrastinando de resolver esse problema… 
Quem sabe faz ao vivo… 
Rodei os comandos e no terceiro deu tudo certo. 
Muito obrigado Gabriel.
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