Problemas com gestão de Cache com projetos em subdiretórios

Ola Gabriel, eu tenho uma duvida de qual seria a melhor forma de tratar o cache com projetos que rodam no mesmo dominio, só que em subdiretórios.

Me parece que as configurações do domínios principal afetam os projetos nos subdiretórios quando usam a Wordpress, ai eu fico em duvida se configuro os serviços de cache, redis, cloudflare para os subdomínios ou não.

Por exemplo, quando eu ativo o redis no dominio raiz, ao ativar o mesmo recurso para o subdiretório o site buga e fica redirecionando para o login do site raiz.

E ao fazer o clear cache no site principal afeta também todos os subdiretórios.

Existe alguma maneira eficiente de separa as configuração quando estão em subdiretórios?

Grato, pelo apoio

Se estiver trabalhando com WordOps e os sites estão em subdomínios as configurações no servidor são completamente individuais.
Neste caso precisa fazer todas as configurações de forma individual.
A única configuração que será aplicado a todos é a configuração do CloudFlare caso opte por habilitar o proxy do CloudFlare.

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No momento estou usando o aapanel, esse painel não tem a opções de criar projetos separados com subdiretórios. E uso cloudflare normalmente, pesquisei algumas formas de tratar diretórios com parametros de url, mas é bem complicado os ajustes. E tem coisas que eu não sei mesmo.

Não cheguei a responder completamente sua dúvida na resposta anterior.
Se está trabalhando com instalação em diretórios então as configirações do domínio principal afetam sim a instalação.
SSL por exemplo será aplicado ao diretório.
Para instalar o Wordpress em diretório precisa criar um novo banco de dados, criar o diretório e instalar o Wordpress manualmente neste diretório.

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Essa parte eu fiz, o problema começa quando tento ajustar o cache do redis para os subdiretórios, e essa parte do cloudflare, parece que plugins de segurança tbm afetam subdiretórios com wordpress

Já tem muitos anos que não trabalho com instalações em diretórios.
Só tem desvantagens. Recomendaria trabalhar com subdomínios.

Mas se realmente pretende trabalhar com diretórios, pelo menos para cache recomendaria usar no diretório um plugin como o Speed Booster Pack para cache.