Fechar portas no servidor

Qual comando para fechar uma determinada porta no servidor e deixando apenas as portas para http/https?

Ao subir um server na DO, vem várias portas abertas e quero deixar somente as portas necessária para o site ficar no ar, como fazer?

Você gerencia isso pelo firewall.
Aí tem várias opções.
Se usa Digital Ocean você tem um firewall direto no painel e pode fazer lá para aplicar a todos ou somente um servidor.

Se quer fazer por SSH preciso apenas saber qual firewall tem instalado para lhe orientar.
CSF ou UFW?

meu firewall no server é o UFW, mas quero saber de você qual melhor recomendação, se no painel da DO ou via SSH

Não tem melhor ou pior.
Use o que for mais simples para você.

Mas leve em consideração que o UFW tem diversas funções.
O firewall da Digital Ocean você pode fazer apenas o gerenciamento de portas.

No UFW os comandos para bloquear e liberar portas é:

Liberar porta: sudo ufw allow porta
Bloquear porta: sudo ufw deny porta

Substitua o porta pelo numero da porta.